Le complicanze dopo intervento chirurgico per ipospadia sono rare ma possibili. Tra le più comuni complicanze postoperatorie esistono la fistola, la deiscenza del glande, il diverticolo dell’uretra, l’ematoma, la curvatura residua, la stenosi uretrale, l’ipospadia residua, la necrosi cutanea, il linfedema, la stenosi del meato e la deiscenza del meato.

Molte volte, la complicanza richiede un nuovo intervento chirurgico per risolvere il problema. L'intervento di ricostruzione può essere una procedura semplice come accade per la chiusura di fistole uretrali, oppure maggiormente complesso, ad esempio una seconda uretroplastica, come nel caso di una grave deiscenza uretrale. In generale, è meglio fare riferimento allo stesso chirurgo che ha eseguito l'intervento precedente nel caso insorgessero delle complicanze.